Sin embargo, debido a la gran cantidad de partidos y a las pocas rotaciones realizadas por Bielsa, el equipo llegó al final de temporada con un gran desgaste físico, lo cual perjudicó al equipo en la recta final de la temporada, que perdió las dos finales por sendas goleadas (3-0 contra el Atlético de Madrid en la Liga Europa, y el mismo desenlace en la final de Copa ante el F. C. Barcelona).
